بعد اختيار العنوان المناسب هناك عدة مراحل وهي:
1- جمع النسخ الخطية: الخطوة الأولى التي يجب القيام بها هي التفتيش والبحث عن نسخ المخطوطة في مكتبات العالم، ويتم البحث عن طريق الفهارس العامة أو محركات البحث الإلكتروني أو سؤال أهل الخبرة والعلم.
2- ترتيب النسخ الخطية: بعد جمع النسخ تُرتّب حسب أهميتها، وتُسمّى النسخة الأهم بالمخطوطة النسخة الأم وهي ما كتبه المؤلف بخط يده أو أشار بكتابتها أو أملاها ووصلت إلينا كاملةً، ونرى عليها اسم المؤلف، وعنوان المخطوط، وهي ما يجب اعتماده أثناء التحقيق، ويجب ملاحظة اعتماد آخر نسخة كتبها المؤلف فقد يكتب المؤلف كتابه ثم يُضيف إليه من خلال قراءاته له وتدريسه له ومراجعته إياه؛ لذلك فإن ما يُمكن أن نُسميه الإنتاج الأخير أو الإبرازة الأخيرة هو ما يجب أن يُعتمد. ولكن إذا لم تتواجد هذه النسخة، يتم الاعتماد على هذه النسخ مرتبةً حسب أهميتها وهي كالآتي:
- نسخة نُقلت عن نسخة المؤلف أو قوبلت بنسخته. وكل نسخة نقلت عن النسخة الأم تسمى أصلًا ثانويًا إن وجد معها الأصل الأول.
- نسخة كُتبت في عصر وحياة المؤلف وأقرّ المؤلف في بدايتها أو في آخرها بتاريخ النسخ.
- نسخ أخرى كُتبت بعد عصر المؤلف ويُفضل منها الأقدم.
3- تنضيد المخطوط: وهو كتابة المخطوط على الوورد بدقة عالية مع مراعاة الإملاء المعاصر.
4- مقابلة المخطوطات: المقابلة فيما بين النسخ الخطية التي تم جمعها ووضع فروق النسخ في الحاشية.
5- التحقيق ووضع الحواشي: تُعدّ هذه المرحلة من أهمّ المراحل وأدقّها وأكثرها عناءً، إذ يتمّ من خلالها تخريج ما ورد في المتن من آيات، وأحاديث، وأقوال، وأبيات شعريّة، وأحوال الرجال، والتعريف بالمبهم والغامض والغريب، والتعليق على بعض النكات المهمّة في الحاشية.
يجب الاهتمام بحاشية المخطوط، لأنّها المظهر الحقيقي للمجهود النقدي والعلمي الذي قام به المحقق، وأبرز ما تتضمنه الحواشي هي الإشارة إلى اختلاف نسخ المخطوط، وتصحيح الأخطاء، وبيان مصادر النصوص من آيات قرآنية وأحاديث نبوية وأشعار وغيرها، والتعليقات والشروح الضرورية، والشواهد وترجمات الأعلام وشرح المفردات الصعبة المبهمة.
6- وضع الفهارس المختلفة: يجب وضع الفهارس حسب محتوياتها مثل فهرس الآيات القرآنية والأبيات الشعرية ومصادر التحقيق وفهرس الأعلام والأحاديث النبوية والمحتويات.
7- وضع المقدمة: مقدمة التحقيق يجب أن يكتبها المحقق بعد تحقيقه المخطوطة، كي يعرف منهج المؤلف ولأنه يضطر أحياناً إلى الإشارة إلى صفحات من الكتاب ويجب أن تتضمن المقدمة ما يأتي:
- ترجمة مختصرة وتعريف بمؤلف الكتاب مع ذكر المصدر.
- توصيف النسخ الخطية.
-موضوع الكتاب والمصادر التي أخذت منه مادته وقيمته العلمية ومدى الحاجة إليه.